实际上，石垣岛当地民众反对军事部署的声音一直存在。相比日本其他县市，冲绳地区的反战意识更强，尤其是抵制琉球群岛再度军事化的呼声非常高。

在地方报纸《琉球新报》和《冲绳时报》上，反对在石垣岛修建自卫队基地的声浪此起彼伏，一个名为“反对石垣岛建立军事基地的市民联络委员会”的组织多次举行游行及请愿签名运动。

岛内居民担心“为钓鱼岛和台海局势与中国交恶是否有必要”。还有的说，石垣岛这么一个小岛，一枚导弹就可以摧毁它，难道为了所谓国家利益，就让我们做出牺牲吗？政府在石垣岛、宫古岛、与那国岛等处进行军事布局，甚至想卷入台海危机，到底又是为了什么？

如果“第一岛链”发生中美冲突，那么部署导弹部队的日本岛屿也会率先受到打击，甚至被彻底摧毁，即使自卫队在岛上设立避难所，也无法保护岛上所有居民的安全。这意味着，打着日本国家利益和保护岛上居民的旗号去修建自卫队的基地，实际上是把岛上民众当成“可以丢弃的石头”。